Google Webmastersに新しい動画が投稿され、Matt Cutts氏が次の質問に回答しています。

サイトがアルゴリズムによってペナルティを受けているのか、またはさらに良いコンテンツに負けてしまっただけなのかを、判断することができますか？

Cutts氏はまず最初に、ウェブマスターツールを利用して、「手動による対策」や「noindex」の外し忘れ等の「クロールエラー」がサイトのランキングに影響していないか確認するよう勧めています。
その後、改めて質問に戻り、そのサイトがアルゴリズムの影響によって順位が低下しているかどうかを判断するのは難しいと語ります。

なぜなら、ウェブスパムチームは、あまりアルゴリズムによる「ペナルティ」について考えないからです。彼らの仕事は全体的な順位付けに関することなので、それによって影響が出れば「ペナルティ」だと呼ばれることがありますし、そうでない場合もあります。ウェブスパムチームが、必ずしも特定のスパムに関係しているのではない、とても一般的な品質に関する変更を行っているような場合は、特に判断するのが難しいとしています。

Cutts氏によると、2012年に検索結果の順位に関わる変更を665回ほど行ったということです。変更は毎日のように行われており、今にもいくつかの変更が行われているかもしれません。

ただし、あるアルゴリズムの変更が非常に大きな影響を与えるかもしれないと考えるときは、それを告知しようとしているとのことです。例えば、パンダアルゴリズムやペンギンアルゴリズムがそれに当たります。そうしたアルゴリズムに影響を受けたかどうかを知ることは、良い指標になるからです。
とはいっても、パンダは今では一般的なインデクシングに統合されていき、かつてのような激しいインパクトを伴わなくなっています。だからパンダのローンチを告知することは以前ほど有用ではなくなっています。一方でペンギンは今もスイッチを入れて特定の時間に開始するようなものなので、それについてはもう少し語り、注意を促すつもりだ、ということです。

Cutts氏は、望むようなかたちで上位表示していないとしても、それは順位付けの一部に過ぎないため、ペナルティによるものかどうかを判断するのは困難だとしつつ、一方で、アルゴリズムの影響であるということは、サイトを改変し、他のサイトで行われていることで行うべきだと考えられることをすれば、再び上位に表示される可能性もあるとしています。

今回は特に目新しい内容ではありませんでしたね。
でも何かの参考になれば。